- Centro de Ciencias Medioambientales: Dedicado al estudio de los procesos de cambio global, estructura y funcionamiento de los ecosistemas.
- Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura: Lleva a cabo investigaciones en los campos de ciencias agrarias, ciencia y tecnología de los alimentos y recursos naturales.
- Centro de Estudios Avanzados de Blanes: Centra su actividad investigadora en los ámbitos de la Ecología y la Biología de organismos tanto de sistemas marinos como de aguas continentales.
- Centro de Física Miguel Antonio Catalán: Fomenta la colaboración entre los Departamentos de los Institutos que lo integran, aglutina esfuerzos y concentra servicios.
- Centro de Investigación Cardiovascular: Estudios relacionados con el sistema cardiovascular y sus disfunciones.
- Centro de Investigaciones Biológicas: Vanguardia de la investigación española en el área de la biología y la biomedicina.
- Centro de Investigación y Desarrollo: Realiza investigaciones sobre química orgánica biológica, química de péptidos y proteínas, química ambiental, química de tensioactivos, biología molecular y celular, agrobiología y ecotecnologías.
- Centro Nacional de Investigaciones Metalúrgicas: Investiga los materiales metálicos con fines estructurales, funcionales o avanzados.
- Centro Nacional de Microelectrónica: Se dedica a la investigación, formación y asesoramiento en microelectrónica tanto en ámbito nacional como europeo e internacional.
- Centro Técnico de Informática: Análisis, diseño, gestión de sistemas de información y asistencia técnica.
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